Uutiset

Aallon ja Karoliinisen instituutin tutkijat kehittivät dna:han perustuvan mikroskopiamenetelmän, joka ei tarvitse lainkaan optiikkaa

Dna-mikroskopia avaa näkymän biologisten molekyylien mikrotasolle ilman kallista ja hankalaa optiikkaa.
Voronoi Mona Lisa
Dna-mikroskopiaa havainnollistetaan renessanssimaalauksella. Kuva artikkelista.

Aalto-yliopiston ja Tukholman Karoliinisen instituutin tutkijat ovat kehittäneet uudenlaisen mikroskopiamenetelmän, jolla nähdään, missä solujen tai kudosnäytteiden kiinnostavat molekyylit sijaitsevat – ilman optiikkaa. Toisin kuin tavanomaiset mikroskopiatekniikat, dna-mikroskopiaksi kutsuttu menetelmä ei perustu valoon vaan dna:n sekvensointiin ja tietokonealgoritmiin. Menetelmän uskotaan yleistyvän laajasti, koska se on monissa tilanteissa paljon perinteistä optista mikroskopiaa helppokäyttöisempi.

"Tekniikalla on suuri potentiaali solutason ilmiöiden tutkimuksessa, ja se myös osoittaa, miten monipuolisesti dna-nanoteknologian menetelmiä voidaan soveltaa. Nanomittakaavan ohjelmoitava materiaali ja tehokkaat algoritmit ovat vahva yhdistelmä”, sanoo professori Pekka Orponen, joka on yksi artikkelin kirjoittajista.

Kehitetty menetelmä mahdollistaa esimerkiksi useiden kohdemolekyylien samanaikaisen etsinnän yhdellä kuvantamisella laajalta näytealueelta, kuten erilaisten vasta-aineiden löytämisen yksittäisen solun pinnalta. Tämän ansiosta voidaan esimerkiksi tutkia, miten tällaiset ”mikroympäristöt” vaikuttavat solun elinkaareen tai sairauden kehittymiseen. Perinteisessä mikroskopiassa kohdemolekyylit täytyy havaita yksi tai enintään muutama kerrallaan, mikä on hidasta ja hankalaa.

Kehitetyssä dna-mikroskopiassa solu- tai kudosnäyte yhdistetään yksijuosteisiin dna-pätkiin, jotka kiinnittyvät tutkittaviin molekyyleihin. Jos halutaan tutkia esimerkiksi tiettyä proteiinia, lyhyitä dna-pätkiä käytetään tämän proteiinin sitomiseen. Näitä dna-tunnistajapätkiä voidaan paikallisesti monistaa ja yhdistää pareiksi entsyymien avulla. Tällöin syntyviin pidempiin dna-juosteisiin tallentuu tietoa kohdemolekyylien sijainnista toisiinsa nähden.

Kun pidemmät dna-juosteet on kasvatettu, dna-jonoihin tallentunut nanotason informaatio molekyylien keskinäisestä sijainnista voidaan lukea modernilla dna-sekvensointitekniikalla. Tutkimuksessa kehitettiin tehokas tietojenkäsittelymenetelmä, jonka avulla tästä tiedosta voidaan rekonstruoida tarkka kuva siitä, miten kohdemolekyylit ovat jakautuneet koko näytteen alueella.

Artikkeli julkaistiin arvostetussa PNAS-tiedejulkaisussa.

Tutkimusta ovat rahoittaneet ruotsalaiset Åke Wibergin säätiö sekä Knut ja Alice Wallenbergin säätiö sekä Suomessa Suomen Akatemia.

Professori Pekka Orponen
Kuva Lasse Lecklin / Aalto-yliopisto

Tekniikalla on suuri potentiaali solutason ilmiöiden tutkimuksessa, ja se myös osoittaa, miten monipuolisesti dna-nanoteknologian menetelmiä voidaan soveltaa, sanoo professori Pekka Orponen.

Tietotekniikan laitos
  • Julkaistu:
  • Päivitetty:
Jaa
URL kopioitu

Lisää tästä aiheesta

KTT Sami Itani
Tutkimus ja taide Julkaistu:

Tohtorin urapolku: esittelyssä toimitusjohtaja Sami Itani

“Tohtoriopinnot – kuten lähes kaikki tietotyöt myös yrityselämässä - ovat tiimiperusteista projektityötä, jossa itse pääsee toimimaan oman työnsä projektipäällikkönä.”
kaksi naista istuu punaisilla tuoleilla studiossa keskustelemassa, taustalla musta verho ja keltainen lattia
Tutkimus ja taide, Opinnot Julkaistu:

Mitä voimme oppia pandemiasta?

Aalto-yliopiston studiokeskustelussa pohdittiin, millaisen tulevaisuuden rakennamme pandemiasta saatujen oppien pohjalta.
Machine Learning Coffee Seminar logo in purple and white colours
Tutkimus ja taide Julkaistu:

Machine Learning Coffee Seminar -sarja jatkuu kiinnostavilla puheilla

MLCS-sarja tuo yhteen eri tieteenalojen osaajia, joita yhdistää ainakin yksi asia: kiinnostus koneoppimiseen.
Aalto logo
Tutkimus ja taide, Yliopisto Julkaistu:

Professorit Markus Linder ja Tapani Vuorinen Suomalaisen Tiedeakatemian jäseniksi

Aalto-yliopiston kemian tekniikan korkeakoulusta biomolekulaaristen materiaalien professori Markus Linder ja puunjalostuksen kemian professori Tapani Vuorinen on valittu uusiksi jäseniksi Suomalaiseen Tiedeakatemiaan.