Uutiset

Aallon ja Karoliinisen instituutin tutkijat kehittivät dna:han perustuvan mikroskopiamenetelmän, joka ei tarvitse lainkaan optiikkaa

Dna-mikroskopia avaa näkymän biologisten molekyylien mikrotasolle ilman kallista ja hankalaa optiikkaa.
Voronoi Mona Lisa
Dna-mikroskopiaa havainnollistetaan renessanssimaalauksella. Kuva artikkelista.

Aalto-yliopiston ja Tukholman Karoliinisen instituutin tutkijat ovat kehittäneet uudenlaisen mikroskopiamenetelmän, jolla nähdään, missä solujen tai kudosnäytteiden kiinnostavat molekyylit sijaitsevat – ilman optiikkaa. Toisin kuin tavanomaiset mikroskopiatekniikat, dna-mikroskopiaksi kutsuttu menetelmä ei perustu valoon vaan dna:n sekvensointiin ja tietokonealgoritmiin. Menetelmän uskotaan yleistyvän laajasti, koska se on monissa tilanteissa paljon perinteistä optista mikroskopiaa helppokäyttöisempi.

"Tekniikalla on suuri potentiaali solutason ilmiöiden tutkimuksessa, ja se myös osoittaa, miten monipuolisesti dna-nanoteknologian menetelmiä voidaan soveltaa. Nanomittakaavan ohjelmoitava materiaali ja tehokkaat algoritmit ovat vahva yhdistelmä”, sanoo professori Pekka Orponen, joka on yksi artikkelin kirjoittajista.

Kehitetty menetelmä mahdollistaa esimerkiksi useiden kohdemolekyylien samanaikaisen etsinnän yhdellä kuvantamisella laajalta näytealueelta, kuten erilaisten vasta-aineiden löytämisen yksittäisen solun pinnalta. Tämän ansiosta voidaan esimerkiksi tutkia, miten tällaiset ”mikroympäristöt” vaikuttavat solun elinkaareen tai sairauden kehittymiseen. Perinteisessä mikroskopiassa kohdemolekyylit täytyy havaita yksi tai enintään muutama kerrallaan, mikä on hidasta ja hankalaa.

Kehitetyssä dna-mikroskopiassa solu- tai kudosnäyte yhdistetään yksijuosteisiin dna-pätkiin, jotka kiinnittyvät tutkittaviin molekyyleihin. Jos halutaan tutkia esimerkiksi tiettyä proteiinia, lyhyitä dna-pätkiä käytetään tämän proteiinin sitomiseen. Näitä dna-tunnistajapätkiä voidaan paikallisesti monistaa ja yhdistää pareiksi entsyymien avulla. Tällöin syntyviin pidempiin dna-juosteisiin tallentuu tietoa kohdemolekyylien sijainnista toisiinsa nähden.

Kun pidemmät dna-juosteet on kasvatettu, dna-jonoihin tallentunut nanotason informaatio molekyylien keskinäisestä sijainnista voidaan lukea modernilla dna-sekvensointitekniikalla. Tutkimuksessa kehitettiin tehokas tietojenkäsittelymenetelmä, jonka avulla tästä tiedosta voidaan rekonstruoida tarkka kuva siitä, miten kohdemolekyylit ovat jakautuneet koko näytteen alueella.

Artikkeli julkaistiin arvostetussa PNAS-tiedejulkaisussa.

Tutkimusta ovat rahoittaneet ruotsalaiset Åke Wibergin säätiö sekä Knut ja Alice Wallenbergin säätiö sekä Suomessa Suomen Akatemia.

Professori Pekka Orponen
Kuva Lasse Lecklin / Aalto-yliopisto

Tekniikalla on suuri potentiaali solutason ilmiöiden tutkimuksessa, ja se myös osoittaa, miten monipuolisesti dna-nanoteknologian menetelmiä voidaan soveltaa, sanoo professori Pekka Orponen.

Lisätiedot

Pekka Orponen

Pekka Orponen

Professori
Tietotekniikan laitos
Tietotekniikan laitos
  • Julkaistu:
  • Päivitetty:
Jaa
URL kopioitu

Lue lisää uutisia

Eveliina Peltola. Photo: Lassi Savola.
Nimitykset, Tutkimus ja taide Julkaistu:

Eveliina Peltola: Matematiikka on kaunista siksi, että siinä kaikki järjestyy luonnollisella tavalla

Matematiikka on apulaisprofessori Eveliina Peltolan mukaan universaali kieli, johon pitää päästä sisään ennen kuin sitä voi käyttää.
Lääkäri juttelee lapsen kanssa
Mediatiedotteet, Tutkimus ja taide Julkaistu:

Tutkijat kehittivät paremman tavan määrittää turvallisia lääkeannoksia lapsille

Lääketutkimuksissa lapset tavataan nähdä pieninä aikuisina, vaikka koon lisäksi myös elinten kehittyminen vaikuttaa turvallisiin annosrajoihin. Uusi menetelmä voi tehdä lääkekehityksestä nopeampaa ja riskittömämpää.
alto_University_Learning_Centre Tuomas_Uush
Tutkimus ja taide Julkaistu:

Etsimme ehdokkaita Julkaisufoorumiin!

Julkaisufoorumille nimitetään loppuvuodesta 2021 uudet arviointipaneelit ajalle 2022–2025. Julkaisufoorumi (JUFO) on tieteellisen julkaisutoiminnan laadunarviointia tukeva luokitusjärjestelmä. Opetus- ja kulttuuriministeriö käyttää luokitusta yhtenä yliopistojen perusrahoituksen kriteerinä, joten on tärkeää, että Aallon tutkijoiden käyttämät julkaisukanavat on luokiteltu oikein. Etsimme nyt Aallon ehdokkaita Julkaisufoorumiin.
Unite! Charter on Diversity and Inclusion.jpeg
Tutkimus ja taide, Opinnot, Yliopisto Julkaistu:

Unite!-yliopistoverkosto edistää monimuotoisuutta ja osallisuutta

Uraauurtavana seitsemän eurooppalaisen yliopiston verkostona Unite! on syvästi sitoutunut edistämään monimuotoisuutta ja vahvistamaan osallistumisprosessia kaikessa toiminnassaan.