Uutiset

Uusi tilastollinen malli ennustaa tehokkaasti lääkeaineiden toksisuutta

Tilastollisen komponenttimallin avulla voidaan päätellä yhteyksiä kemikaalien ja molekyylitason myrkyllisten vaikutusten välillä.
Komponenttimalli kuvaa tilastollisia yhteyksiä kemikaalien ja niiden aiheuttamien molekyylitason vaikutusten välillä. Kuva: Juuso Parkkinen, Aalto-yliopisto.

Aalto-yliopiston, Karoliinisen Instituutin ja Suomen molekyylilääketieteen instituutin (FIMM) tutkimus sisälsi yli 1300 tunnettua lääkemolekyyliä, joista oli saatavilla laajoja mittausaineistoja.

”Tutkimuksessa on yhdistetty systemaattisella datalähtöisellä analyysillä solulinjoista mitattuja lääkemolekyylien toksisuusmittauksia ja geenien aktivaatiota kuvaavia geeniekspressiovasteita. Toksisuus voi ilmetä solujen kasvua hillitsevänä tai soluja tuhoavana vaikutuksena. Tutkimuksessa kehitetty menetelmä mahdollistaa toksisuuden ennustamisen uusille molekyyleille aiempia menetelmiä tarkemmin, koska siinä on käytetty kehittyneitä tilastollisia menetelmiä sekä aiempaa suurempia data-aineistoja”, kertoo Aalto-yliopistosta tohtoriksi väitellyt Juuso Parkkinen.

Tällä hetkellä toksisuutta testataan pitkälti eläinkokeilla. Uuden menetelmän avulla eläinkokeita voidaan tulevaisuudessa korvata solulinjakokeiden ja tilastollisen mallinnuksen yhdistelmällä. Tämä säästäisi huomattavasti myös lääkekehityksen kustannuksia.

”Uutta ennustusmenetelmää voidaan soveltaa tuotekehitysvaiheessa oleviin uusiin lääkemolekyyleihin ja muihin kemikaaleihin, ja seuloa pois mahdolliset toksiset molekyylit”, täsmentää Parkkinen.

Tilastollisen koneoppimisen ja tekoälymenetelmien kehitys on noussut erittäin merkittävään rooliin monilla sovellusalueilla lääketieteellisen tutkimuksen lisäksi.

“Juuso Parkkinen on malliesimerkki Aalto-yliopiston tekoälytutkimuksen ja tohtorintutkinnon hyödyllisyydestä: hän teki tutkimusryhmässäni väitöskirjan lääketieteellisestä sovelluksesta ja siirtyi sitten Reaktorille soveltamaan datatiedettä monien erilaisten yritysten tarpeisiin”, kehuu Parkkisen väitöskirjaohjaaja, professori Samuel Kaski.

Lääkeaineiden toksisuutta tutkivat Juuso Parkkinen ja Samuel Kaski Aalto-yliopistolta, Pekka Kohonen, Egon Willighagen, Rebecca Ceder, Roland Grafström Karoliinisesta Instituutista sekä Krister Wennerberg Suomen molekyylilääketieteen instituutista.

Lisätietoa:                                           

Juuso Parkkinen
AI Designer and Senior Data Scientist
Reaktor
[email protected]
puh. 050 356 3916

Samuel Kaski
Professori
Aalto-yliopisto
[email protected]
puh. 050 305 8694

Julkaisu Nature Communications -lehdessä: A transcriptomics data-driven gene space accurately predicts liver cytopathology and drug-induced liver injury

  • Julkaistu:
  • Päivitetty:
Jaa
URL kopioitu

Lue lisää uutisia

Hanna-Kaisa Korolaisen väitöskirjan The Making of Inspiration sisäaukeama.
Palkitut, Tutkimus ja taide Julkaistu:

Aalto ARTS Booksille kultaa kansainvälisessä ICMA-kilpailussa sekä tieteellisten että oppikirjojen sarjassa

Neljä Aalto ARTS Booksin kirjaa palkittiin ICMA (International Creative Media Award) -kilpailun kirjojen osiossa.
Espoo Ambassador 2022, prof. Rebecca Piekkari
Nimitykset, Yhteistyö Julkaistu:

Professori Rebecca Piekkari on valittu vuoden 2022 Espoo Ambassadoriksi

Espoo Ambassadorina Piekkari edustaa espoolaista tieteellistä osaamista maailmalla liikkuessaan.
Professor Jens Schmidt opening the first Aalto Alumni Strategy Circle. Audience in the front.
Tutkimus ja taide Julkaistu:

Aalto Alumni Strategy Circle -tapahtumassa jaettiin fuusioiden ja yrityskauppojen parhaita käytäntöjä

Aalto Alumni Strategy Circle kokoaa yhteen strategia-alan ammattilaisia ja yritysjohtajia oppimaan ja vaihtamaan ajatuksia strategian ajankohtaisista aiheista.
Metsähovi's director Joni Tammi at Aalto University photo: Mikko Raskinen
Nimitykset Julkaistu:

Joni Tammi jatkaa Metsähovin radio-observatorion johtajana

Nimitys on voimassa vuoden 2025 loppuun saakka.