Uutiset

Harri Lähdesmäki louhii sairauksien jälkiä datamassoista

Laskentatieteilijän tutkimus auttaa ymmärtämään tyypin 1 diabeteksen, astman ja Alzheimerin taudin mekanismeja ja ennustamaan niiden puhkeamista.
Harri Lähdesmäen aineistoissa voi olla miljardeja tiedonjyviä. Kuva: Anni Hanén

Professori Harri Lähdesmäki, mitä tutkit ja miksi?

Tutkimusalani on laskennallinen biologia ja bioinformatiikka, eli käytän laskennallisia menetelmiä biotieteiden ja lääketieteellisten ongelmien ratkaisemisessa. Yksi alani tunnetuimpia esimerkkejä on genomitutkimus, jossa perimästä yritetään löytää vihjeitä siitä, onko yksilöllä riskiä sairastua tiettyyn tautiin. Aineistot, joiden kanssa työskentelen, ovat valtavia. Ihmisen genomi koostuu noin kolmesta miljardista A-, C-, G- ja T-typpiemäksestä, ja yhdestä mittauksestakin analysoitavia tiedonjyviä voi tulla satoja miljoonia tai jopa miljardeja.

Monet tutkimukseni liittyvät autoimmuunisairauksiin, kuten tyypin 1 diabetekseen, reumaan ja astmaan. Mittausaineistona voi olla staattinen, ihmisen solun sisällä oleva perimä tai dynaamisesti muuttuva geenien ja proteiinien ilmeneminen, joka liittyy sairauden kehittymiseen ja ympäristön vaikutuksiin. Kun teemme tällaisia mittauksia isoille ryhmille terveitä ja sairaita, voimme laskentamenetelmien avulla löytää ne proteiinit, jotka liittyvät sairauden syihin. Tämä voi auttaa sairauden aikaisessa diagnosoinnissa ja tulevaisuudessa jopa ehkäistä sen puhkeamisen.

Miten päädyit tutkijaksi?

Pienenä en haaveillut tutkijanurasta vaan halusin ja vähän tulinkin urheilijaksi. Olin kuitenkin jo lukiossa kiinnostunut luonnontieteistä, ja opintojen aikana innostuin laskennallisista tieteistä ja matematiikasta ja niihin liittyvistä ongelmista. Halusin löytää ratkaisuja ja soveltaa tietoa. Tutkijankipinä syttyi lopullisesti tehdessäni väitöskirjaa bioinformatiikasta, joka on yhdistelmä laskentatieteitä, sovellettua matematiikkaa ja lääketieteen ja biologian käytännön ongelmia.

Mitkä ovat olleet urasi kohokohtia?

Ehdottomasti sellaiset tutkimukset, joissa olen oikeasti pystynyt hyödyntämään omaa laskennallista osaamistani biologisten ongelmien ratkaisemisessa – käyttämään omia vahvuuksia yhteisen hyvän edistämiseen. 

Mikä on tutkijan tärkein ominaisuus?

Aito innostus on tietysti ykkönen.  Minua on auttanut myös tietynlainen sinnikkyys – sitä tarvitaan niinä hetkinä, kun innostus on kadoksissa ja tutkimuksessa tulee takapakkia. Tutkimus on vahvasti poikkitieteellistä, eli työskentelen paljon lääkäreiden ja biologien kanssa.  Siksi on aivan olennaista, että osaan tehdä yhteistyötä eri alojen asiantuntijoiden kanssa.

Mitä odotat tulevaisuudelta?

Olisi hienoa, jos saavuttaisin sellaisen terveyteen liittyvän edistysaskeleen, joka näkyisi ihmisten arkielämässä. Työni on vahvasti perustutkimusta, eikä sitä ihan heti nähdä terveyskeskusten arjessa. Sairastumisriskiä ennustavien biomarkkerien löytäminen tulee kuitenkin ehkäisemään vakavia sairauksia tulevaisuudessa.

Harri Lähdesmäki ja muut Aallon uudet vakinaistetut professori kertovat tutkimuksestaan 15. marraskuuta järjestettävillä luennoilla. Tervetuloa mukaan! Lisätietoa täällä.

 

  • Julkaistu:
  • Päivitetty:
Jaa
URL kopioitu

Lisää tästä aiheesta

maankäyttö
Tiedotteet, Tutkimus ja taide Julkaistu:

Ihmiskunnan ruokkiminen planeettaa tuhoamatta vaatii U-käännöksen

Lähes puolet nykyisestä ruoantuotannosta on haitallista planeetallemme, koska se aiheuttaa luonnon monimuotoisuuden vähenemistä, ekosysteemin rappeutumista ja vesistressiä.
Large arena filled with a crowd watching a game of DOTA2 projected on big screens
Tutkimus ja taide Julkaistu:

Elektronisen urheilun maailmanlaajuinen yleisö satoja miljoonia

Sosiaalinen kanssakäyminen on tärkein syy osallistua elektronisen urheilun tapahtumiin. E-urheilun suoria verkkolähetyksiä seuraavat fanit taas arvostavat muun muassa draamaa, uutuudenviehätystä, pelaajien taitoa ja estetiikkaa.
Julia Lohmann's Department of Seaweed at WEF. Photo: Mikko Raskinen
Tutkimus ja taide Julkaistu:

Julia Lohmann: "Tiedämme liikaa ja teemme liian vähän"

Lohmannin näyttävä merileväpaviljonki on esillä Maailman talousfoorumissa Davosissa ja se kannustaa tekemään vaikeita päätöksiä ja käynnistämään ’tekemishautomoita’.
Students in the Aalto University Learning Centre / photo by Unto Rautio
Tutkimus ja taide Julkaistu:

Tutkain 2020-2022 -hanke avaa kotimaisia lehtiaineistoja tutkimuskäyttöön

Kansalliskirjaston digitoimat kotimaiset sanoma- ja aikakauslehtiaineistot vuosilta 1930-2018 ovat nyt tutkijoiden käytettävissä.