Uutiset

Uusi algoritmi tunnistaa bakteerilajien välisen geenisiirtymän

Geenisiirtymää tapahtuu erityisen paljon pneumokokkibakteerien antibioottiresistenssiin vaikuttavissa geeneissä.
Vasemmalla on kuvattu pneumokokkibakteerien välistä horisontaalista geenisiirtymää valituissa geeneissä ja oikealla on yhteenveto bakteerien välisistä suhteista genomitasolla, jossa on vaihtelua sinisestä (etäinen) keltaiseen (läheisesti sukulainen). Kuva: Pekka Marttinen.

Nisäkkäiden lisääntyessä jälkeläisen genomi eli perimä on yhdistelmä vanhempien genomeita. Bakteerit taas lisääntyvät jakautumalla, jolloin jälkeläisten genomit ovat periaatteessa kopioita vanhemman genomista. Tätä prosessia mutkistaa horisontaalinen geenisiirtymä, mikä tarkoittaa, että bakteerit voivat luovuttaa toisilleen genomin palasia. Näin ollen myös yksittäisten bakteerien genomit voivat olla yhdistelmä useilta eri vanhemmilta peräisin olevia geenejä. Jotkut näistä genominpalasista saattavat olla peräisin jopa täysin eri lajeilta.

Tuoreessa, koneoppimisen ja bioinformatiikan aloja yhdistävässä, tutkimuksessa kehitettiin uusi laskennallinen menetelmä, jolla voi mallintaa geenisiirtymää bakteeripopulaation eri kehityshaarojen tai jopa kokonaan erillisten bakteerilajien välillä. Algoritmin avulla analysoitiin 616 pneumokokkibakteerin genomeista koostuva aineisto.

Geenisiirtymän määrä riippuu geenin hyödyllisyydestä

Tutkimuksessa genomeista löytyi useita yksittäisiä geenejä, joissa geenisiirtymää arvioitiin tapahtuneen erityisen paljon. Näihin lukeutuivat myös antibioottiresistenssiä aiheuttavat geenit.

”Antibioottiresistenssiin liittyvissä geeneissä nähtävä geenisiirtymän määrä voi liittyä näiden geenien hyödyllisyyteen bakteereille ja siitä seuraavaan valintapaineeseen,” kuvailee akatemiatutkija Pekka Marttinen Aalto-yliopiston tietotekniikan laitokselta.

”Suoraa ratkaisua antibioottiresistenssin ongelmaan tutkimuksesta ei saada, koska se edellyttää resistenssin synty- ja leviämismekanismien ymmärtämistä. Ymmärrystä kuitenkin edistää, jos tunnemme geenisiirtymän määrän eri lajien ja kehityshaarojen välillä”, hän selittää.

Tutkimuksessa pystyttiinkin osoittamaan, että geenisiirtymää tapahtuu paitsi lajien sisällä, myös useiden eri lajien välillä. Myös geenisiirtymän suuri määrä oli yllätys.

”Aiemmin on osoitettu, että geenisiirtymää tapahtuu paljon yksittäisissä geeneissä, mutta nyt pystyimme ensimmäistä kertaa laskennallisesti osoittamaan saman yli koko genomin”, kertoo Marttinen lopuksi.

”Menetelmällä pystytään ensimmäistä kertaa arvioimaan tehokkaasti myös kauan aikaa sitten tapahtunutta geenisiirtymää, mikä on tärkeää, kun halutaan tutkia geenisiirtymää eri lajien välillä.”

Tutkimustulokset julkaistiin helmikuussa Molecular Biology and Evolution –julkaisussa.

Lisätietoja:
Akatemiatutkija Pekka Marttinen
Aalto-yliopisto, tietotekniikan laitos
p. 044 303 0349
[email protected]

Artikkeli: Rafal Mostowy, Nicholas J. Croucher, Cheryl P. Andam, Jukka Corander, William P. Hanage ja Pekka Marttinen: Efficient inference of recent and ancestral recombination within bacterial populations. Molecular Biology and Evolution 2017. DOI: 10.1093/molbev/msx066.

  • Julkaistu:
  • Päivitetty:
Jaa
URL kopioitu

Lue lisää uutisia

Sofia Guridi pictured in a lab setting.
Tutkimus ja taide, Opinnot Julkaistu:

Sofia Guridi muotoilee maailmaa paremmaksi älykkäiden tekstiilien avulla

Aalto-yliopiston Bioinnovaatiokeskuksen tohtoriopiskelija Sofia Guridi haluaa luoda bio-pohjaisia älytekstiilejä, jotka auttavat ihmisten arjen parantamisessa.
A dog and two researchers. Photo: Aalto University/Mikko Raskinen
Tutkimus ja taide Julkaistu:

PAWWS – People and Animal Wellbeing at Work and in Society -konsortiohankkeelle merkittävä rahoitus Suomen Akatemialta

Aalto-yliopiston apulaisprofessori Astrid Huopalainen, Hankenin apulaisprofessori Linda Tallberg ja Helsingin yliopiston dosentti Anna Hielm-Björkman ovat hankkeen vastuullisia tutkijoita.
Käsikirjoituskoulutusta / post-it-lappuja / Marja-Riitta Koivumäki
Mediatiedotteet, Yliopisto Julkaistu:

Aalto-yliopistoon elokuva- ja televisiodramaturgian erikoistumiskoulutus

Syksyllä 2023 alkava koulutus on suunniteltu ammatillista osaamista syventäväksi koulutukseksi alalla jo toimiville.
A teacher and two researchers smiling and sorting through paper presentations in a classroom
Tutkimus ja taide Julkaistu:

Miten lisätä empatiaa terveyspalveluihin? Tutkijat järjestivät ihmiskeskeisen suunnittelun työpajoja Arabian peruskoulussa

Aalto-yliopiston tutkijat järjestivät peruskoululaisille palvelumuotoilutyöpajat, joissa opeteltiin muotoiluajattelua sekä ihmiskeskeisten tietojärjestelmien suunnittelua.