Uusi algoritmi tunnistaa bakteerilajien välisen geenisiirtymän
Nisäkkäiden lisääntyessä jälkeläisen genomi eli perimä on yhdistelmä vanhempien genomeita. Bakteerit taas lisääntyvät jakautumalla, jolloin jälkeläisten genomit ovat periaatteessa kopioita vanhemman genomista. Tätä prosessia mutkistaa horisontaalinen geenisiirtymä, mikä tarkoittaa, että bakteerit voivat luovuttaa toisilleen genomin palasia. Näin ollen myös yksittäisten bakteerien genomit voivat olla yhdistelmä useilta eri vanhemmilta peräisin olevia geenejä. Jotkut näistä genominpalasista saattavat olla peräisin jopa täysin eri lajeilta.
Tuoreessa, koneoppimisen ja bioinformatiikan aloja yhdistävässä, tutkimuksessa kehitettiin uusi laskennallinen menetelmä, jolla voi mallintaa geenisiirtymää bakteeripopulaation eri kehityshaarojen tai jopa kokonaan erillisten bakteerilajien välillä. Algoritmin avulla analysoitiin 616 pneumokokkibakteerin genomeista koostuva aineisto.
Geenisiirtymän määrä riippuu geenin hyödyllisyydestä
Tutkimuksessa genomeista löytyi useita yksittäisiä geenejä, joissa geenisiirtymää arvioitiin tapahtuneen erityisen paljon. Näihin lukeutuivat myös antibioottiresistenssiä aiheuttavat geenit.
”Antibioottiresistenssiin liittyvissä geeneissä nähtävä geenisiirtymän määrä voi liittyä näiden geenien hyödyllisyyteen bakteereille ja siitä seuraavaan valintapaineeseen,” kuvailee akatemiatutkija Pekka Marttinen Aalto-yliopiston tietotekniikan laitokselta.
”Suoraa ratkaisua antibioottiresistenssin ongelmaan tutkimuksesta ei saada, koska se edellyttää resistenssin synty- ja leviämismekanismien ymmärtämistä. Ymmärrystä kuitenkin edistää, jos tunnemme geenisiirtymän määrän eri lajien ja kehityshaarojen välillä”, hän selittää.
Tutkimuksessa pystyttiinkin osoittamaan, että geenisiirtymää tapahtuu paitsi lajien sisällä, myös useiden eri lajien välillä. Myös geenisiirtymän suuri määrä oli yllätys.
”Aiemmin on osoitettu, että geenisiirtymää tapahtuu paljon yksittäisissä geeneissä, mutta nyt pystyimme ensimmäistä kertaa laskennallisesti osoittamaan saman yli koko genomin”, kertoo Marttinen lopuksi.
”Menetelmällä pystytään ensimmäistä kertaa arvioimaan tehokkaasti myös kauan aikaa sitten tapahtunutta geenisiirtymää, mikä on tärkeää, kun halutaan tutkia geenisiirtymää eri lajien välillä.”
Tutkimustulokset julkaistiin helmikuussa Molecular Biology and Evolution –julkaisussa.
Lisätietoja:
Akatemiatutkija Pekka Marttinen
Aalto-yliopisto, tietotekniikan laitos
p. 044 303 0349
[email protected]
Artikkeli: Rafal Mostowy, Nicholas J. Croucher, Cheryl P. Andam, Jukka Corander, William P. Hanage ja Pekka Marttinen: Efficient inference of recent and ancestral recombination within bacterial populations. Molecular Biology and Evolution 2017. DOI: 10.1093/molbev/msx066.
- Julkaistu:
- Päivitetty:
Lue lisää uutisia
Väitöstutkimus selvitti, miksi kestävän liiketoiminnan läpilyönti yritysmaailmassa on ollut hidasta, miten sitä voisi kiihdyttää – ja samalla tehdä tuottoisaa tulosta
Kaupallinen ja sopimusjohtaminen on yritysjohdon strateginen työväline, jota käyttäen yritys voi saavuttaa sekä ympäristöllisesti kestävät että taloudelliset tulostavoitteensa, ilmenee tällä viikolla tarkastettavasta väitöskirjasta.
Tulevaisuuden rakennukset ovat sekä energian tuottajia että käyttäjiä
Aalto-yliopistossa kehitetty uusi innovatiivinen rakenne parantaa levylämmönvaihtimen tehokkuutta jopa 20 prosenttia. Lämpöpumppuun kytkettynä sillä on lukuisia käyttökohteita aina kotien käyttöveden lämmityksestä maalämpölaitoksiin ja rakennusten ilmanvaihtoon.
Jopa 80 prosenttia rakennustyömailla tehtävästä työstä on tehotonta – jatkuvat keskeytykset vaikuttavat myös turvallisuuteen
Valtaosa rakennustyömailla tehtävistä töistä ei suoraan vaikuta työn varsinaiseen edistymiseen. Tuore väitöstutkimus löysi kuitenkin helpon keinon parantaa rakentamisen tuottavuutta ja samalla myös hyvinvointia: työntekijöiden toiminnan seuranta.