Uutiset

Uusi algoritmi tunnistaa bakteerilajien välisen geenisiirtymän

Geenisiirtymää tapahtuu erityisen paljon pneumokokkibakteerien antibioottiresistenssiin vaikuttavissa geeneissä.
Vasemmalla on kuvattu pneumokokkibakteerien välistä horisontaalista geenisiirtymää valituissa geeneissä ja oikealla on yhteenveto bakteerien välisistä suhteista genomitasolla, jossa on vaihtelua sinisestä (etäinen) keltaiseen (läheisesti sukulainen). Kuva: Pekka Marttinen.

Nisäkkäiden lisääntyessä jälkeläisen genomi eli perimä on yhdistelmä vanhempien genomeita. Bakteerit taas lisääntyvät jakautumalla, jolloin jälkeläisten genomit ovat periaatteessa kopioita vanhemman genomista. Tätä prosessia mutkistaa horisontaalinen geenisiirtymä, mikä tarkoittaa, että bakteerit voivat luovuttaa toisilleen genomin palasia. Näin ollen myös yksittäisten bakteerien genomit voivat olla yhdistelmä useilta eri vanhemmilta peräisin olevia geenejä. Jotkut näistä genominpalasista saattavat olla peräisin jopa täysin eri lajeilta.

Tuoreessa, koneoppimisen ja bioinformatiikan aloja yhdistävässä, tutkimuksessa kehitettiin uusi laskennallinen menetelmä, jolla voi mallintaa geenisiirtymää bakteeripopulaation eri kehityshaarojen tai jopa kokonaan erillisten bakteerilajien välillä. Algoritmin avulla analysoitiin 616 pneumokokkibakteerin genomeista koostuva aineisto.

Geenisiirtymän määrä riippuu geenin hyödyllisyydestä

Tutkimuksessa genomeista löytyi useita yksittäisiä geenejä, joissa geenisiirtymää arvioitiin tapahtuneen erityisen paljon. Näihin lukeutuivat myös antibioottiresistenssiä aiheuttavat geenit.

”Antibioottiresistenssiin liittyvissä geeneissä nähtävä geenisiirtymän määrä voi liittyä näiden geenien hyödyllisyyteen bakteereille ja siitä seuraavaan valintapaineeseen,” kuvailee akatemiatutkija Pekka Marttinen Aalto-yliopiston tietotekniikan laitokselta.

”Suoraa ratkaisua antibioottiresistenssin ongelmaan tutkimuksesta ei saada, koska se edellyttää resistenssin synty- ja leviämismekanismien ymmärtämistä. Ymmärrystä kuitenkin edistää, jos tunnemme geenisiirtymän määrän eri lajien ja kehityshaarojen välillä”, hän selittää.

Tutkimuksessa pystyttiinkin osoittamaan, että geenisiirtymää tapahtuu paitsi lajien sisällä, myös useiden eri lajien välillä. Myös geenisiirtymän suuri määrä oli yllätys.

”Aiemmin on osoitettu, että geenisiirtymää tapahtuu paljon yksittäisissä geeneissä, mutta nyt pystyimme ensimmäistä kertaa laskennallisesti osoittamaan saman yli koko genomin”, kertoo Marttinen lopuksi.

”Menetelmällä pystytään ensimmäistä kertaa arvioimaan tehokkaasti myös kauan aikaa sitten tapahtunutta geenisiirtymää, mikä on tärkeää, kun halutaan tutkia geenisiirtymää eri lajien välillä.”

Tutkimustulokset julkaistiin helmikuussa Molecular Biology and Evolution –julkaisussa.

Lisätietoja:
Akatemiatutkija Pekka Marttinen
Aalto-yliopisto, tietotekniikan laitos
p. 044 303 0349
[email protected]

Artikkeli: Rafal Mostowy, Nicholas J. Croucher, Cheryl P. Andam, Jukka Corander, William P. Hanage ja Pekka Marttinen: Efficient inference of recent and ancestral recombination within bacterial populations. Molecular Biology and Evolution 2017. DOI: 10.1093/molbev/msx066.

  • Julkaistu:
  • Päivitetty:
Jaa
URL kopioitu

Lisää tästä aiheesta

space key touch guard
Tiedotteet Julkaistu:

Kuvanveistäjä teki kuparista mikrobit torjuvan, taskuun sopivan kosketussuojaimen

Suojainta voi käyttää esimerkiksi vessanpöntön kansiin, vääntölukkoihin ja ovenkahvoihin tarttumisessa. Käytön jälkeen se sujahtaa suojakoteloonsa, jossa kupari tappaa pinnalle mahdollisesti tarttuneet taudinaiheuttajat.
Jaana Vapaavuori (left) and Konstantinos Daskalakis (right)
Tiedotteet Julkaistu:

EU:lta miljoonarahoitus älykkäiden materiaalien ja uuden sukupolven ledien tutkimukseen

Apulaisprofessori Jaana Vapaavuoren ja tutkijatohtori Konstantinos Daskalakisin hankkeet parantavat rakennusten ja valaistuksen ympäristöystävällisyyttä.
Rehtori Ilkka Niemelä pitää lukuvuoden avajaispuhetta verkon välityksellä.
Tiedotteet, Yliopisto Julkaistu:

Rehtori Ilkka Niemelä: ”Kärsinyt talous ei kaipaa jälleenrakentamista, vaan uudelleen rakentamista kestävän kehityksen perustalle"

Lukuvuoden avajaisissa puhuivat myös tiede- ja kulttuuriministeri Annika Saarikko ja ylioppilaskunnan puheenjohtaja Olli Kesseli. Avajaiset toteutettiin virtuaalisesti.
Townhouses in Malminkartano. Photo: Eija Hasu
Tiedotteet Julkaistu:

Tuore kysely: kolme neljästä pientaloasukkaasta maksaisi enemmän ympäristöystävällisestä kodista

Peräti 75 prosenttia suomalaisista pientaloasukkaista olisi valmiita maksamaan nykyistä enemmän kestävää kehitystä edistävästä kodista.