Uutiset

Uusi algoritmi tunnistaa bakteerilajien välisen geenisiirtymän

Geenisiirtymää tapahtuu erityisen paljon pneumokokkibakteerien antibioottiresistenssiin vaikuttavissa geeneissä.
Vasemmalla on kuvattu pneumokokkibakteerien välistä horisontaalista geenisiirtymää valituissa geeneissä ja oikealla on yhteenveto bakteerien välisistä suhteista genomitasolla, jossa on vaihtelua sinisestä (etäinen) keltaiseen (läheisesti sukulainen). Kuva: Pekka Marttinen.

Nisäkkäiden lisääntyessä jälkeläisen genomi eli perimä on yhdistelmä vanhempien genomeita. Bakteerit taas lisääntyvät jakautumalla, jolloin jälkeläisten genomit ovat periaatteessa kopioita vanhemman genomista. Tätä prosessia mutkistaa horisontaalinen geenisiirtymä, mikä tarkoittaa, että bakteerit voivat luovuttaa toisilleen genomin palasia. Näin ollen myös yksittäisten bakteerien genomit voivat olla yhdistelmä useilta eri vanhemmilta peräisin olevia geenejä. Jotkut näistä genominpalasista saattavat olla peräisin jopa täysin eri lajeilta.

Tuoreessa, koneoppimisen ja bioinformatiikan aloja yhdistävässä, tutkimuksessa kehitettiin uusi laskennallinen menetelmä, jolla voi mallintaa geenisiirtymää bakteeripopulaation eri kehityshaarojen tai jopa kokonaan erillisten bakteerilajien välillä. Algoritmin avulla analysoitiin 616 pneumokokkibakteerin genomeista koostuva aineisto.

Geenisiirtymän määrä riippuu geenin hyödyllisyydestä

Tutkimuksessa genomeista löytyi useita yksittäisiä geenejä, joissa geenisiirtymää arvioitiin tapahtuneen erityisen paljon. Näihin lukeutuivat myös antibioottiresistenssiä aiheuttavat geenit.

”Antibioottiresistenssiin liittyvissä geeneissä nähtävä geenisiirtymän määrä voi liittyä näiden geenien hyödyllisyyteen bakteereille ja siitä seuraavaan valintapaineeseen,” kuvailee akatemiatutkija Pekka Marttinen Aalto-yliopiston tietotekniikan laitokselta.

”Suoraa ratkaisua antibioottiresistenssin ongelmaan tutkimuksesta ei saada, koska se edellyttää resistenssin synty- ja leviämismekanismien ymmärtämistä. Ymmärrystä kuitenkin edistää, jos tunnemme geenisiirtymän määrän eri lajien ja kehityshaarojen välillä”, hän selittää.

Tutkimuksessa pystyttiinkin osoittamaan, että geenisiirtymää tapahtuu paitsi lajien sisällä, myös useiden eri lajien välillä. Myös geenisiirtymän suuri määrä oli yllätys.

”Aiemmin on osoitettu, että geenisiirtymää tapahtuu paljon yksittäisissä geeneissä, mutta nyt pystyimme ensimmäistä kertaa laskennallisesti osoittamaan saman yli koko genomin”, kertoo Marttinen lopuksi.

”Menetelmällä pystytään ensimmäistä kertaa arvioimaan tehokkaasti myös kauan aikaa sitten tapahtunutta geenisiirtymää, mikä on tärkeää, kun halutaan tutkia geenisiirtymää eri lajien välillä.”

Tutkimustulokset julkaistiin helmikuussa Molecular Biology and Evolution –julkaisussa.

Lisätietoja:
Akatemiatutkija Pekka Marttinen
Aalto-yliopisto, tietotekniikan laitos
p. 044 303 0349
[email protected]

Artikkeli: Rafal Mostowy, Nicholas J. Croucher, Cheryl P. Andam, Jukka Corander, William P. Hanage ja Pekka Marttinen: Efficient inference of recent and ancestral recombination within bacterial populations. Molecular Biology and Evolution 2017. DOI: 10.1093/molbev/msx066.

  • Julkaistu:
  • Päivitetty:

Lue lisää uutisia

Lennart Engels, Karolin Kull, Ágnes László, Julia Postrzech and Valenti Soler won the Habitare Design competition 2023.
Palkinnot ja tunnustukset, Tutkimus ja taide, Opinnot, Yliopisto Julkaistu:

Aalto-yliopiston sisustusarkkitehtuurin ja nykymuotoilun opiskelijatiimi voitti Habitare-suunnittelukilpailun 2023

Habitare-suunnittelukilpailu on tarkoitettu taiteen, muotoilun ja arkkitehtuurin opiskelijoille Suomessa. Tämän vuoden teemana kilpailussa oli ”Yhteisöllisyyden työkalut”. Teeman tarkoituksena oli rohkaista kilpailijoita muotoilemaan ja toteuttamaan uudenlaisia tapoja edistää yhdessäoloa ja vuorovaikutusta ihmisen mittakaavassa tai laajemminkin
The Fifth Wave - BRIE-ETLA Collection of Articles book cover
Tutkimus ja taide Julkaistu:

Äänikirjoja voidaan nykyään luoda tekoälyn avulla

Tuotantotalouden laitos on julkaissut ensimmäisen tekoälyyn perustuvan äänikirjansa.
Rakkauden lajit muodostavat tilastollisesti samankaltaisuusjatkumon, jossa rakkauden kokemuksen voimakkuus heikkenee. Kuva: Philosophical Psychology -lehti, https://doi.org/10.1080/09515089.2023.2252464.
Mediatiedotteet Julkaistu:

Missä tuntuu rakkaus? Uusi tutkimus valottaa rakkauden luonnetta aiempaa tarkemmin

Aalto-yliopiston tutkijat ovat selvittäneet 27:ään eri rakkauden lajiin liittyviä tunnekokemuksia ja muodostaneet niiden perusteella kehokarttoja, joista selviää missä rakkaus tuntuu.
Värikkäitä ja läpinäkyviä pinnoitenäytteitä puupölkyn päällä.
Mediatiedotteet, Tutkimus ja taide Julkaistu:

Onko puu ruskeaa, sinistä, keltaista vai läpinäkyvää? Tutkijat löysivät keinon tehdä puusta läpinäkyviä ja värikkäitä pinnoitteita

Tutkijat ovat onnistuneet kehittämään puiden sisältämästä ligniinistä uudenlaisia pinnoitteita.