Tutkijoiden kehittämä tekoäly paljastaa, miten elimistön puolustusjärjestelmä tunnistaa ihosyövän
Helsingin yliopiston, HUS Syöpäkeskuksen, Aalto-yliopiston ja Stanfordin yliopiston tutkijat ovat kehittäneet tekoälymallin, joka ennustaa, ketkä potilaat hyötyvät puolustusjärjestelmää aktivoivasta hoidosta ihosyövässä. Käytännössä tekoälymallin avulla voidaan tunnistaa ihosyöpä verikokeesta, selvittää ihosyövän ennustetta sekä kohdentaa hoitoja aiempaa tarkemmin.
Ihosyöpään liittyvä tutkimus on julkaistu arvostetussa Nature Communications -julkaisusarjassa.
Oikeat lääkkeet oikeille potilaille
Elimistön oman puolustusjärjestelmän tehostaminen on osoittautunut erityisen tehokkaaksi hoitomuodoksi ihosyövässä. Puolustusjärjestelmää aktivoivien hoitojen ongelma ovat erot potilasryhmien välillä: vaikka osa potilaista parantuu taudistaan täysin, osa potilaista ei hyödy hoidosta lainkaan.
"Aiempi tutkimus ei ole pystynyt tuottamaan lääkäreille työkaluja, jotka ennustaisivat, ketkä hyötyvät puolustusjärjestelmää aktioivavasta hoidosta. Hoidon kohdentaminen oikein on erittäin tärkeää, koska lääkehoito on kallista ja vakavat sivuvaikutukset melko tavallisia", kertoo lääkäri ja väitöskirjatutkija Jani HuuhtanenHelsingin yliopistosta ja Aalto-yliopistosta.
Monimutkainen tekoälymalli yksinkertaiseen kysymykseen
Kansainvälisen tutkimusryhmän hypoteesi oli, että hoidosta hyötymättömien potilaiden puolustusjärjestelmän solut eivät tunnista ihosyöpää viholliseksi, eivätkä potilaat siksi hyödy hoidosta.
Tutkimusryhmä tutki tekoälymallilla lähes 500 ihosyöpäpotilaan näytteet ja vertasi niitä lähes 1000 terveen ihmisen näytteeseen. Näistä näytteistä tutkijat yksinkertaisesti laskivat ihosyöpää tunnistavien puolustussolujen määrää.
Potilailla, joilla oli melanooma, löytyi odotetusti enemmän ihosyöpää tunnistavia puolustussoluja kuin terveiltä.
"Tämä löydös voi tulevaisuudessa mahdollistaa ihosyövän tunnistamisen verinäytteestä, kertoo translationaalisen hematologian professori Satu Mustjoki Helsingin yliopistosta.
Lisäksi ihosyöpäpotilaat, joilla oli enemmän ihosyöpää tunnistavia puolustussoluja, hyötyivät todennäköisemmin puolustusjärjestelmää aktivoivista hoidoista kuin potilaat, joilta nämä puuttuivat.
Tekoälymallilla muiden syöpien kimppuun
Tekoälymallit ovat yleistyneet räjähdysmäisesti lääketieteessä, mutta niiden saaminen kliiniseen käyttöön vaatii pitkäjänteistä yhteistyötä lääkäreiden ja tekoälytutkijoiden välillä.
"Jatkotutkimuksessa on tarkoitus paneutua nyt kehitetyn tekoälymallin hyödyntämiseen potilastyössä ja selvittää, voidaanko sillä ennustaa hoitovasteita myös uusiin, vielä kehitteillä oleviin syövän lääkehoitoihin", kertoo laskennallisen biologian ja koneoppimisen professori Harri Lähdesmäki Aalto-yliopistosta.
"Tekoälymallimme on ketterä ja muokattavissa, joten sen avulla voidaan jatkossa laskea syöpää tunnistavien puolustussolujen määrää myös muissa syövissä, kuten rintasyövässä, keuhkosyövässä ja verisyövissä", Jani Huuhtanen tarkentaa.
"Kaikki tutkimuksemme perustuu avoimeen lähdekoodiin, joten tekoälymallimme on myös muiden tutkijoiden ja lääkäreiden saatavilla ja jatkokehiteltävissä", Huuhtanen huomauttaa.
Alkuperäinen artikkeli: Huuhtanen, J., Chen, L., Jokinen, E. et al. Evolution and modulation of antigen-specific T cell responses in melanoma patients. Nat Commun 13, 5988 (2022). DOI: 10.1038/s41467-022-33720-z.
https://doi.org/10.1038/s41467-022-33720-z
Tutkimusta rahoittivat Euroopan tutkimusneuvosto (ERC), Suomen Akatemia, Syöpäsäätiö sekä Sigrid Juseliuksen ja Gyllenbergin säätiöt. Tutkimus on osa Suomen Akatemian rahoittamaa iCAN Digital Precision Cancer Medicine -lippulaivahankketta.
Lisätietoja:
LL Jani Huuhtanen, väitöskirjatutkija, Helsingin yliopisto ja Aalto-yliopisto
puh. 050 435 0191
jani.huuhtanen@helsinki.fi
Twitter: @jhuuhtan
Satu Mustjoki, professori ja osastonylilääkäri Helsingin yliopisto ja HUS Helsingin yliopistollinen sairaala
johtaja, Translationaalisen Immunologian tutkimusohjelma
satu.mustjoki@helsinki.fi
Twitter: @hruh_research
Lue lisää tekoälymallin aiemmasta versiosta, jonka avulla tutkimusryhmä selvitti, mitkä puolustusjärjestelmän valkosolut tunnistavat koronavirusta
https://www.helsinki.fi/fi/uutiset/pandemiat/suomalaistutkijoiden-kehittama-tekoaly-ennustaa-mika-puolustusjarjestelman-avain-sopii-koronaviruksen-lukkoihin
Lue lisää alan tutkimuksesta Hematology Research Unit Helsingin verkkosivuilta.
Lue lisää uutisia
TATE-PJU uudeksi standardiksi vaativiin hankkeisiin
Taloteknisestä projektinjohtomallista on jo vuosien kokemus, mutta vielä siitä ei ole tullut valtavirtaa. Kun talotekniikan merkitys ja vaativuus koko ajan kasvaa, nyt on oikea hetki miettiä, miten TATE-PJU:sta tehdään alan standardi vaativiin hankkeisiin. Matias Kallion tuore diplomityö tarjoaa hyvät eväät muutosmatkalle.
DOC+ kehittää väitöskirjatutkijoiden työelämätaitoja – Tule mukaan tapahtumiin
Tohtoriopiskelija tai jo tohtoriksi valmistunut, oletko pohtinut, miten rakentaa mielekäs ura tohtorina? Tai mitä muutoksia tekoäly tuo tutkimukseen ja työelämään? Nämä tapahtumat ja koulutukset ovat juuri sinulle!
Erikoistuneet tekoälymallit voivat olla Suomen seuraava globaali vientituote
Resurssitehokkaat ja erikoistuneet tekoälymallit voivat olla Suomen seuraava kansainvälinen kilpailuetu ja mahdollisuus erottautua suuria kielimalleja hyödyntävillä markkinoilla.