Uutiset

Aalto-yliopiston joukkueille menestystä aineenvaihduntatuotteiden tunnistamiseen keskittyneessä CASMI-kilpailussa

Joukkueet voittivat ja tulivat toiseksi parhaan automaattisen rakenteellisen tunnistuksen kategoriassa.

Aineenvaihduntatuotteiden yleinen tunnistusprosessi

Aineenvaihduntatuotteet ovat pieniä molekyylejä, joiden avulla voidaan saada tietoa solujen tilasta. Kilpailu molekyylien tunnistamisesta massaspektrometridatasta järjestettiin keväällä 2016. CASMI-kilpailun tavoitteena oli luoda yhteinen kehys aineenvaihduntatuotteiden tunnistamismenetelmien arvioimiseen.

Tänä vuonna arvioitiin ensimmäistä kertaa myös automaattisia menetelmiä. Tavoitteena oli määritellä oikea molekyylirakenne noin 200 erilaisen mahdollisen rakenteen joukosta.

Automaattisen menetelmän kategoriassa lisäinformaatiota sai käyttää ainoastaan ennustemallin opettamiseen. Kategorian voitti Aalto-yliopiston ja saksalaisen Jenan yliopiston tutkijoista muodostettu Brouardin joukkue, ja sen jäseninä olivat Céline Brouard, Huibin Shen, Kai Dührkop, Sebastian Böcker ja Juho Rousu. Kategoriassa toiseksi tuli Dührkopin joukkue, jonka jäseniä olivat Kai Dührkop, Huibin Shen, Sebastian Böcker ja Juho Rousu.

Lisätietoja:

Critical Assessment of Small Molecule Identification (CASMI) -kilpailu

Lisätietoa Brouardin joukkueen käyttämästä menetelmästä, Bioinformatics

Lisätietoa Dührkopin joukkueen käyttämästä menetelmästä

 

  • Julkaistu:
  • Päivitetty:
Jaa
URL kopioitu