Tutkimuksen vararehtori Jyri Hämäläinen vastaa tohtorinkoulutuksesta Aalto-yliopiston organisaatio rakenteessa. Ella Binghamin johtama Tutkimuspalvelut vastaa Tohtorinkoulutuspalveluista. Tohtorinkoulutuspalveluiden tiiminvetäjänä toimii päällikkö Minna Söderqvist. Tiimin jäsenet toimivat eri kouluissa ja yliopistotasolla.
Joka koulussa on oma tohtoriohjelma ja tohtorinkoulutusneuvosto (TKN). Tohtoriohjelman johtaja toimii tohtorinkoulutusneuvoston puheenjohtajana.
Tohtoriohjelmien johtajat keskustelevat yhteisistä tohtorinkoulutukseen liittyvistä asioista tohtorinkoulutuksen työryhmässä (DEWG) yhdessä ohjelmien suunnittelijoiden ja opiskelijajäsenten kanssa. DEGWiä vetää koulutuksen vararehtori.
Rehtori on asettanut Aalto-yliopiston tohtorinkoulutuksen työryhmän, jonka tehtävänä on kehittää yliopiston tohtorinkoulutusta, keskustella tohtorinkoulutuksen yhteisistä kysymyksistä ja valmistella yliopiston linjauksia.
Aalto-yliopisto on säätiöpohjainen yliopisto ja sen muodostavat kuusi korkeakoulua.
Tohtorinkoulutuksen tutkintosääntö (voimassa 1.8.2021 alkaen)
Opintojen ja opiskelun säännöt
Tohtorinkoulutusneuvostot ohjaavat korkeakoulunsa tohtoriohjelman työtä.
Tohtorinkoulutusneuvosto, ARTSTohtorinkoulutusneuvosto, BIZTohtorinkoulutusneuvosto, CHEMTohtorinkoulutusneuvosto, ELECTohtorinkoulutusneuvosto, ENGTohtorinkoulutusneuvosto, SCI